Die Sekundarstufe schliesst an die Primarstufe an und umfasst drei Schuljahre. Sie bereitet die Jugendlichen auf die Berufsausbildung oder den Besuch weiterführender Schulen vor. Fächer wie «Natur und Technik», «Medien und Informatik», «Wirtschaft, Arbeit, Haushalt» und weitere kommen hinzu.

Die Sekundarstufe befindet sich im Schulhaus Schwerzgrueb.

Die Schule Uitikon führt die Sekundarstufe den unterschiedlichen Anforderungen entsprechend mit den Abteilungen A, B und C, wobei A die anspruchsvollste darstellt. In den Fächern Mathematik, Englisch und Französisch wird zudem in drei verschiedenen Anforderungsstufen (Niveaus I, II und III) unterrichtet, wobei I die anspruchsvollste darstellt.

Die Schülerinnen und Schüler werden am Ende der 6. Primarklasse einer der Abteilungen und Anforderungsstufen zugeteilt. Die Empfehlung zur Zuteilung zu einer Abteilung erfolgt aufgrund einer umfassenden Beurteilung der Leistungen und Fähigkeiten in allen Fächern (Gesamtbeurteilung) im Gespräch zwischen Lehrperson, den Eltern und der Schülerin bzw. dem Schüler. Die Zuteilung erfolgt basierend darauf durch die Schulleitung. Wird keine Einigung erzielt, entscheidet die Schulpflege über die Zuteilung. Die Zuteilung zu einer Anforderungsstufe erfolgt aufgrund einer Leistungsbeurteilung im entsprechenden Fachbereich.

Durchlässigkeit innerhalb der Sekundarstufe ermöglicht, auf individuelle Entwicklungen zeitnah reagieren zu können. Zu bestimmten Terminen besteht die Möglichkeit, von einer Abteilung oder Anforderungsstufe zur anderen wechseln zu können. Sogenannte Umstufungen können durch die Lehrpersonen oder die Erziehungsberechtigten (via Klassenlehrer) beim Umstufungskonvent beantragt und durch die Schulleitung genehmigt werden. Dem  Umstufungskonvent gehören sämtliche Lehrpersonen, die die Schülerin oder den Schüler unterrichten, an. Sind die Erziehungsberechtigten mit dem Entscheid nicht einverstanden, können sie von der Schulpflege eine Überprüfung verlangen.

Die Aufnahme an eine Mittelschule erfordert eine bestandene Aufnahmeprüfung nach der 2. oder 3. Klasse der Sekundarstufe.